Ons, xunto con Onza e o illote Freitosas, é un dos arquipélagos pertencentes ao Parque Nacional Marítimo Terrestre das Illas Atlánticas de Galicia (PNMTIAG) polos seus valores excepcionais de conservación. Os fondos oceánicos que rodean ao Parque Nacional presentan unha alta biodiversidade e representan un exemplo de ecosistemas Atlánticos. Dentro do Parque Nacional o 86% do mesmo constitúeno os fondos oceánicos fronte ao 14% que constitúe a parte terrestre. En España existen 15 Parques Nacionais e as Illas Atlánticas de Galicia constitúen, xunto co Arquipélago de Cabrera no Mediterráneo, un dos dous Parques Nacionais Marítimo Terrestres que existen actualmente no noso país. A presenza de seres vivos na zona costeira vén determinada por unha serie de factores como o substrato, a luz, as correntes, o oleaxe, os nutrientes ou as relacións con outras especies. Dentro da zona litoral distínguense diversos ambientes bentónicos como son o supralitoral, situado no nivel máis alto das pleamares, onde só chegan as salpicaduras das ondas. O intermareal que é unha zona rexida polas mareas. O submareal que comprende desde o límite inferior do intermareal ata o límite inferior de distribución das algas fotófilas. E o circalitoral, aquela zona escasamente iluminada situada por debaixo do límite inferior do infralitoral ata o bordo da plataforma continental. Segundo o seu substrato diferéncianse diferentes tipos de fondos como fondos rochosos, arenosos, fondos de maërl formado por algas calcáreas Lithotammion corallioides e Lithotammion calcareum ou fondos de cascallo formados por restos de conchas de moluscos sobre todo bivalvos e gasterópodos.
Segundo o seu substrato diferéncianse diferentes tipos de fondos como fondos arenosos, fondos de maërl ou fondos de cascallo formados por restos de conchas de moluscos sobre todo bivalvos e gasterópodos. Os rochedos son zonas moi poboadas por organismos capaces de sobrevivir ao embate das ondas e á turbulencia da auga, que erosiona e molda a costa. Está saturada en osíxeno e é unha zona con gran cantidade de materia orgánica. As adaptacións que estes organismos desenvolveron son elementos de protección como os caparazóns dos bígaros ou as conchas dos mexillóns, que teñen como obxectivo impedir ser esmagados polo mar; elementos de ancoraxe ao substrato, como no caso das algas ou os mexillóns, cuxo fin é non ser arrastrados polas correntes. Outro tipo de fondo son os formados por area como substrato. Fórmanse en zonas nas que a auga perde forza e deposita os sedimentos arenosos que arrastraba no seu seo ao tempo que os ía erosionando. Os fondos de maërl, palabra de orixe bretón refírese a un tipo de fondo formado por algas calcáreas con forma de arbúsculos máis ou menos libres e fortemente calcificados. As especies que forman o maërl son Lithotammion corallioides e Lithotammion calcareum. A súa forma e a acumulación en vertical ofrecen unha intricada rede de refuxios que permite que estes fondos alberguen unha gran diversidade animal. Así nestes fondos atópanse poboacións de bivalvos como a ameixa rubia Venerupis rhomboides, o reloxo Dosinia exoleta, a volandeira Aequipecten opercularis ou a vieira Pecten maximus. Tamén se atopan gasterópodos como a peonza maga Gibbula magus, cangrexos ermitaños da especie Anapagarus hyndmany, ou o cangrexo porcelana Pisidia longicornis. Pola súa variedade e abundancia destacan ademais os poliquetos e pequenos crustáceos como anfípodos e isópodos, e entre os peixes destacan os lanzóns Ammodytes tobianus e o anfioxo Branchiostoma lanceolatum. Os fondos de maërl son considerados a nivel europeo un hábitat costeiro de alto valor ecolóxico, pola súa elevada diversidade faunística e algar e por ser zonas de gran produtividade. Os fondos de cascallo están formados por restos de conchas de moluscos, sobre todo bivalvos e gasterópodos. Estes restos forman unha capa de varios centímetros de espesor na que viven enterrados a maioría dos animais que aquí habitan. Neste substrato escóndese unha variada fauna de bivalvos como a vieira Pecten maximus, a zamburiña Chlamys varia, a ameixa rubia Venerupis romboides, o berberecho Cerastoderma edule, a navalla Ensis spp ou o reloxo Dosinia exoleta; cefalópodos como son a sepia Sepia officinalis ou o polbo Octopus vulgaris; cangrexos ermitaños Eupagurus spp.; e variedade de vermes poliquetos, equinodermos, esponxas, ofiuras e holoturias, ademais de peixes planos, raias Raja spp., salvariego Echiichtys vipera.
Nas augas da Illa de Ons hai unha ampla diversidade de hábitats e de organismos que habitan no fondo mariño. Nas súas rochas, pódense atopar mexillóns, percebeiros e lapas que conviven con diferentes especies de peixes e algas. As algas pardas afloran nas rochas e no fondo do mar e chegan a medir uns dous metros de altura. Ademais, serven de alimento para centolas, congríos, nécoras, polbos ou doncelas, entre outras especies mariñas. Tamén se poden atopar outros peixes como raias, sepias e rodaballos. Por outra banda, na area das praias da illa, podemos ver bivalvos como as vieiras, ameixas, berberechos e navallas. O Parque Nacional das Illas Atlánticas de Galicia está formado polos arquipélagos de Cíes, Ons, Sálvora e Cortegada e as augas marítimas dos seus contornos naturais. O arquipélago de Ons sitúase fronte á ría de Pontevedra e está formado por dúas illas: Ons, de maior tamaño e aínda poboada, e Onza, máis pequena.