Bajo estas aguas encontramos las valiosas praderas submarinas de Posidonia oceánica, y las gigantescas nacras, el molusco bivalvo de mayor tamaño del Mediterráneo, que, con su capacidad filtradora, contribuye a mantener la transparencia y la excelente calidad de estas aguas. En tierra firme, el Archipiélago aúna la isla principal de Cabrera, la isla Conejera y quince islotes, sumando 1000 hectáreas de superficie emergida. Su clima semiárido, a merced de la sal y el viento, condiciona el desarrollo del matorral mediterráneo, la garriga, que cuenta con varios endemismos vegetales. Las aves son el estandarte faunístico del archipiélago, dada su condición de lugar de escala en las rutas migratorias de más de 150 especies. La gaviota de Audouin o el halcón de Eleonora son emblemas de la ornitofauna de Cabrera. El Parque Nacional está incluido dentro de la Red de Zonas de Especial Protección para las Aves, es Lugar de Interés Comunitario y forma parte de la red de Zonas de Especial Protección de Importancia para el Mediterráneo.