El Aquarium de San Sebastián ha albergado desde sus orígenes, además de los ampliamente conocidos acuarios, un museo oceanográfico con valiosos elementos patrimoniales que a través de los diferentes ámbitos del museo ayuda a explicar y contextualizar la rica historia marítima y marina de Euskadi y de San Sebastián, su pasado pesquero y corsario, las embarcaciones utilizadas para las grandes gestas de sus navegantes, … En este espacio, encontramos ámbitos que tratan temáticas tan interesantes como la evolución del comercio marítimo, los astilleros de ribera, los balleneros vascos, el corsarismo, la pesca, … y también una zona que rinde homenaje a la Sociedad de Oceanografía de Gipuzkoa, que fue una de la primeras entidades dedicadas al estudio y divulgación de contenidos oceanográficos en España.