A Casa da Navegación é unha institución municipal creada para expoñer a colección visitable sobre a relación histórica da Real Vila co mar a través do seu porto no contexto da navegación atlántica, converténdose no motor de conformación urbana e social.Este proxecto alóxase na centenaria casa de María Carvajal situada na praza de Pedro de Castro, diante do porto pesqueiro, foi unha antiga sede do goberno municipal e posteriormente restaurada para a súa adecuación ao seu novo uso. Consta de dúas plantas e xardín traseiro de 347 metros cadrados no centro histórico da vila. Alberga unha colección procedente, en parte, do Museo do Mar de Galicia e do Museo Provincial de Pontevedra. Inclúe unha réplica feita no 2001 da Carta Puebla fundacional de Alfonso IX, cartografía da colección Román Pereiro Alonso. Posúe pezas arqueolóxicas como unha lápida sepulcral, unha moeda do século XIII e fragmentos cerámicos, tamén unha maqueta da carabela La Pinta feita en 1985, o robot submarino RU-27, aparellos de pesca cedidos por Remigio Leyenda, fotografías cedidas por Esperanza Fernández Vernet, instrumentos de navegación, obxectos procedentes de naufraxios, vellas lámpadas do faro Silleiro e dúas pequenas pezas de artillería.O proxecto de musealización empezou no ano 2009, costeado pola Deputación provincial de Pontevedra e o concello de Baiona. A súa inauguración foi o 1 de marzo de 2015 por representantes de dúas institucións: o presidente da Xunta de Galicia, Alberto Núñez Feijoo, e a ministra naquela época, Ana Pastor Julián.
A casa María Carbajal está reformada desde o 2007. É un edificio de dúas plantas, o superior de 212 metros cadrados acompañado por un xardín que supera os 347 metros cadrados. Está realizado en cantería, destaca pola sobriedade, cunha fachada case simétrica, aínda que nas dúas balaustradas corridas, que acaban ambos corpos, confiren un alto valor. Acaba a cornixa abalaustrada con catro pináculos dispostos simétricamente.A casa Carbajal constitúe hoxe por hoxe unha referencia cultural importantísima en Baiona, é sede do Museo da Navegación e tamén posúe exposicións temporais. Conta con dous espazos expositivos moi amplos, sala de actos e audiovisuais e un interesante patio que se abre cara a parte posterior do edificio, con zona empedrada e axardinada conservando os muros que pechan o solar. O edificio foi utilizado como sede do concello.No seu interior pódese atopar unha réplica do robot RU-27, ou tamén coñecido como Scarlet Knight que foi o primeiro robot con pilas de litio e sen motor en cruzar o Atlántico (distancia de máis de 6000 quilómetros). Foi un proxecto conxunto entre EEUU e España que marcou un récord histórico. Durante a súa travesía de 225 días estivo recopilando datos que axudarán a entender como inflúen os océanos no cambio climático. Despois dun ciclo de inmersión-emersión transmitiu vía satélite os datos rexistrados e agardou novas ordes que se lanzaron desde o Laboratorio de Observación Oceánica Costeira de New Jersey.O propio presidente dos EEUU recibiu o robot en Washington e quizais se estude nun futuro para desenvolver un novo sistema de transporte marítimo, limpo, que non contamine.A importancia que se lle quixo dar coa elección de Baiona como destino simbólico, foi recordando o desembarco da carabela Pinta en 1493 para evocar o descubrimento de América.
O casco antigo de Baiona resulta especial por toda a súa historia, pero tamén por mostrar aos seus visitantes o Museo Casa da Navegación. Neste espazo, atópase unha colección que ofrece a evolución histórica, urbana e social da Real Vila. A Casa da Navegación ubícase na coñecida como Casa Carvajal e dedícase a mostrar o papel tan importante que tivo Baiona na historia da navegación Atlántica. O seu porto foi o primeiro de Europa en recibir a noticia do descubrimento de América. O capitán Martín Alonso Pinzón atracou nas súas augas galegas en 1493. A colección mostra documentos antigos e arquivos, ademais de expoñer pezas recuperadas de investigacións arqueolóxicas e subacuáticas. A colección está distribuída en catro áreas e trece módulos. A planta baixa dedícase á contextualización xeográfica, ao orixe e evolución da vila. A primeira planta está estruturada en dous ámbitos: o porto e os seus significados social, urbano e histórico e a arte e os perigos da navegación.